Il programma di dottorato si articola in tre anni accademici, durante i quali gli studenti frequenteranno seminari, lezioni, sessioni dedicate al “case-study e simulazione mirate, sessioni di discussione in classe, sessioni di formazione interdisciplinare, secondo la tabella qui sotto riportata. La strategia didattica si basa sulla partecipazione attiva e continuativa degli studenti del dottorato soprattutto nel primo anno per l’acquisizione delle basi scientifiche della metodologia applicata. Essa mira inoltre ad aumentare l'attitudine degli studenti a inquadrare, anche in chiave multidisciplinare e interdisciplinare, un problema scientifico, a sviluppare ipotesi di ricerca, ad implementare adeguate metodologie di ricerca per testarle e a valutare i risultati. Il programma di dottorato adotta un quadro metodologico che combina la modellazione della dinamica dei sistemi con la comparazione.

Durante il programma triennale, gli studenti parteciperanno a lezioni e seminari sia presso l'Università di Palermo che presso alcune Università europee e internazionali che hanno attivato una collaborazione con il dottorato, come ad esempio l’Institute of Advanced Legal Studies dell’University of London e il Jesus College dell’University of Cambridge. Un periodo di formazione di almeno sei mesi svolto all’estero costituisce un punto di forza nella formazione dei dottorandi.

Ovviamente è prevista la partecipazione ai principali convegni, congressi e simposi nazionali ed internazionali oltreché la partecipazione ai gruppi di ricerca e ai convegni organizzati dallo stesso dottorato. Al riguardo si sottolinea la “sponsorizzazione” da oltre 3 lustri del Symposium on Economic Crimes che si svolge annualmente a Cambridge (UK) e che vede una regolare e costante presenza dei dottorandi di “dinamica dei sistemi” tra i relatori. La linea “politica” del dottorato consiste nel fare si che al secondo anno del corso la maggior parte dei dottorandi sia in condizione di realizzare almeno una pubblicazione scientifica di alto livello.

Al termine del programma, gli studenti difenderanno la loro tesi di dottorato che dovrà essere coerente con gli ambiti di ricerca e gli interessi scientifici del dottorato. Per questo motivo, la proposta di tesi presentata dallo studente prima del processo di selezione fornirà solo una prima base da cui lo studente dovrà iniziare a pensare, durante il primo e parte del secondo anno del programma, con la possibilità di cambiare radicalmente l'argomento originale, sulla base dei risultati di apprendimento delle lezioni e dei seminari e in genere delle attività frequentate.