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Ricercatori del dipartimento di Matematica ed informatica, fanno luce sul ruolo delle sequenze biologiche in importanti processi epigenomici

11-giu-2015

La dott.ssa Simona Ester Rombo ed il prof. Raffaele Giancarlo, in collaborazione con il dott. Filippo Utro, Research Scientist presso il Centro di Computational Genomics di IBM Research e Dottore di Ricerca presso Unipa,  hanno condotto uno studio sistematico sul ruolo che piccole sequenze di DNA hanno nell’organizzazione della Cromatina in vivo. La struttura della Cromatina, ovvero il complesso DNA-Proteina risultato del  super-avvolgimento del DNA nel nucleo cellulare, ha  un ruolo importante in molti processi biologici. Una linea di ricerca all’avanguardia internazionale cerca di stabilire come proprietà intrinseche delle sequenze biologiche possano giocare un ruolo in questa organizzazione. Utilizzando tecniche fortemente caratterizzanti l’Informatica (Teoria Dell’Informazione e Algoritmica), per analizzare dati prodotti dalle più moderne Biotecnologie (Next Generation Sequencing), lo studio estende notevolmente ciò che era già noto nell’area e propone una prima sistematizzazione di queste piccole sequenze in termini di dizionari epigenomici. La generalità dell’approccio seguito lo rende fruibile in altri contesti biomedici in cui si richiede di isolare sequenze genomiche che determinano in maniera significativa funzione e struttura nel genoma e nell’epigenoma. La ricerca e’ stata pubblicata su Bioinformatics, rivista di riferimento per studi di Bioinformatica e Biologia Computazionale. L’attività è stata finanziata in parte con fondi di un Progetto di Ateneo (RG coordinatore) e di un Progetto MIUR PRIN Giovani (SER coordinatrice Unità Unipa).